Das Auswärtige Amt übt die Fachaufsicht über die ZfA aus und bestimmt die Vorgaben zur Auswärtigen Kultur- und Bildungspolitik im Bereich des deutschen Auslandsschulwesens. Es vertritt diese gegenüber den Ländern der Bundesrepublik Deutschland sowie anderen am Auslandsschulwesen beteiligten bzw. interessierten Institutionen. Der Status „Deutsche Auslandsschule“ wird durch das Auswärtige Amt auf Grundlage eines Verleihungsvertrags mit der Schule vergeben.

Alle wichtigen Entscheidungen, die das Auslandsschulwesen berühren, werden in Abstimmung mit dem Auswärtigen Amt (Referat 605 - Förderung von Deutsch als Fremdsprache und Auslandsschulwesen) getroffen. Das Auswärtige Amt ist im Bund-Länder-Ausschuss für schulische Arbeit im Ausland (jährlich alternierender Vorsitz mit den Ländern) vertreten.